臺北關渡宮一樓正殿奉祀天上聖母、觀世音菩薩、文昌帝君。左側有「關渡延平郡王祠」，奉祀延平郡王與其屬神三位將軍，其原廟在1961年風災摧毀，檀越遷廟於此，意同於本廟的側殿。右側奉祀建廟大德。旁殿奉祀藥師佛、阿彌陀佛、觀音菩薩、大勢至菩薩等。二樓的「廣渡寺」奉祀西方三聖、地藏菩薩與信徒安奉的祖先牌位。
後殿奉祀玉皇大帝、三官大帝、東華帝君、瑤池金母、南斗星君、北斗星君等。
古佛洞奉祀千手觀音、羅漢、四大天王、天龍八部廿八位護法神等。財神洞奉祀財神、福德正神等。兩洞宗教雕塑繁多，為關渡宮一大殊景，頗為可觀。
藥師佛12大願
第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴其身，令一切有情，如我無異。
第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚、盲、聾、瘖、瘂、攣、躄、背僂、白癩、癲狂，種種病苦；聞我名已，一切皆得端正黠慧。諸根完具，無諸疾苦。
第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
第八大願：願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身；聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情，出魔羂網，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情，王法所錄，縲縛鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難，凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。
第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情，飢渴所惱，為求食故造諸惡業；得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食，飽足其身；後以法味，畢竟安樂而建立之。
第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱；若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所翫，皆令滿足。
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